Il existait dès le VIIe siècle à cet endroit, une chapelle en bois dédiée à Saint Christophe. La première mention du prieuré remonte à 1105 quand Frédéric, comte de Ferrette, donne le prieuré à Hugues Sémur, Abbé de Cluny qui va y instaurer la règle bénédictine, Saint Morand y officie dès 1106. Saint Morand parcourut la région pendant dix ans, multipliant les conversions, les guérisons et les miracles, à sa mort, en 1115, il fut inhumé au centre de l'église du prieuré, qui prit son nom. Saint Morand a été canonisé à la fin du XIIe siècle. Après plusieurs destructions et reconstructions, le prieuré fut pris en main par les Jésuites arrivé en 1620. Ils y fondent un collège et vont reconstruire le prieuré de 1750 à 1756 et y fond n'être un pèlerinage à l'Ascension et le lundi de Pentecôte qui va perdurer jusqu'au XXe siècle. En 1764 les bénédictins réintègrent le prieuré et en 1886 l'église Saint-Morand est rebâtie sur des plans de l'architecte Charles Winkler qui opte pour une architecture de style néo-roman. À l'entrée de la nef se trouve le tombeau de Saint Morand, un gisant des XIIe, XVe et XIXe siècles, juste à côté se trouve le reliquaire offert par l'archiduc Frédéric de Habsbourg en 1428, il contient une partie du crâne de Saint Morand. Les quatre fresques de la nef et les verrières du choeur illustrent également la vie du saint patron de l'édifice. L'église Saint-Morand d'Altkirch et le gisant ont été inscrits à l'inventaire des Monuments Historiques en 1937.